Debido a que no se había encontrado un fósil de este pez en todo el Cenozoico (aunque sí en el Mesozoico), se creía a principios del siglo XX que este pez estaba extinto. Sin embargo, en verano de 1938 se telefoneó a Marjorie Courtenay-Latimer, directora del Museo de East London (Sudáfrica). Se le comunicaba que se había capturado un extraño pez azul nunca antes visto. Tras observarlo, el espécimen se llevó a museo, donde se envolvió en formalina, aunque el pez no se conservó bien. James Leonard Brierley Smith, ictiólogo de la universidad Rhodes, en Grahamstown, consiguió llegar al museo, tras varios meses, y le dio al pez su nombre científico.
Tras 14 años de exhaustiva búsqueda, en invierno de 1952, se encontró el segundo espécimen de celacanto en las islas Comores. Aunque la comunidad científica se conmovió por el hallazgo, los habitantes del archipiélago no se conmovieron al ver al animal, pues estaban familiarizados con él. Varias capturas más se hicieron en aguas de Comores a lo largo del siglo XX.
En octubre del año 2000, en Sudáfrica se encontró una nueva población de esta especie. Estos hallazgos sugieren que el celacanto puede estar más extendido en el Índico de lo que se pensaba.
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